Definiciones

Bien vamos a empezar definiendo en forma general que es ClickOnce y en que se basa para ofrecer su arquitectura de despliegue.

1. Qué es ClickOnce?
Es una tecnología de despliegue de aplicaciones windows forms (principalmente Smart Clients), basada en el concepto de publicación en un servidor Web, FTP o de archivos compartidos, para permitir la descarga, instalación y actualización automática de la aplicación.

ClickOnce no es el reemplazo de otras tecnología de despliegue como Windows Installer, y tampoco en posible de implementar en todos los escenarios.

El core de esta tecnología de despliegue esta basado en dos archivos XML: un archivo de manifiesto de aplicación y un archivo de manifiesto de despliegue

2. Manifest file: El manifesto de aplicación (.manifest file) describe los ensamblados y archivos que comprenden la aplicacion, incluyendo información de identidad de los ensamblados (nombre, hash/public key token, versión, y localización), dependencia de la aplicación, e informacion de confianza que afecte las políticas de seguridad bajo la cual la aplicación esta ejecutándose.

http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/k26e96zf(VS.80).aspx

3. Application file: El manifesto de despliegue (.application file), contiene un resumen de la información de despliegue en si misma. incluyendo información de versión, donde encontrar el manifiesto de la información, y el numero de opciones respecto al comportamiento en la clase de despliegue y actualización que se llevará cabo

http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ws1c2fch(VS.80).aspx

Y como no hay mejor lugar que el hogar para aprender, este es el link de la libreria de MSDN para ClickOnce, así que les recomiendo que le den una mirada para empezar por la derecha.

ClickOnce Deployment for Windows Forms Applications (MSDN Resources)
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/wh45kb66.aspx